我有一個非常常見的問題，即 rJava 在 Ubuntu 上無法正確安裝。這個問題已經在多個地方進行了討論，這里，這里，這里，僅舉幾例?；締栴}是在安裝 rJava 包時，會產生以下錯誤消息configure: error: Unable to run a simple JNI program. Make sure you have configured R with Java support (see R documentation) and check config.log for failure reason.Warning in system(cmd) : error in running commandERROR: configuration failed for package ‘rJava’* removing ‘/home/jonno/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/rJava’對于這個問題有多種密切相關的解決方案。其中大多數用于為 R （也是一個變體sudo R CMD javareconf）配置 Java 。有些人建議在環境變量中設置路徑（另一些人則建議不要這樣做）。其他人建議卸載并重新安裝 R，而其他人則建議從 cran 安裝 rJava。有幾個人推薦。這些解決方案還有其他變體。-eJAVA_HOMEupdate alternatives我已經嘗試了上述所有方法的組合，但一無所獲，所以我顯然做錯了什么。輸入echo $JAVA_HOME退貨/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64我的等/環境看起來像這樣PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/$MKL_THREADING_LAYER=GNUJAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64"當我運行 R CMD javaconf 時，它看起來像這樣Java interpreter : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/javaJava version : 11.0.4Java home path : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64Java compiler : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/javacJava headers gen.: /usr/bin/javahJava archive tool: /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/jartrying to compile and link a JNI program detected JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linuxdetected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvmgcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/include -I/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/include/linux -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-uuRxut/r-base-3.6.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c conftest.c -o conftest.ogcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/lib/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR我做錯了什么以及如何正確安裝 rJava？
1 回答
POPMUISE
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我調查了原始海報（我們在同一個地方工作），問題是在 OpenJDK11 中，他們移動了.soJVM 所在的一些文件，特別libjvm.so是 Ubuntu 包中的文件現在位于/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server/.
這意味著，即使您安裝適用于 rJava 的 Ubuntu 軟件包，apt install r-cran-rjava當您嘗試安裝時也會失敗library(rJava)。
解決方案是通過添加/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server/以下內容來添加$LD_LIBRARY_PATH：
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server:$LD_LIBRARY_PATH
到你的末尾~/.bashrc并開始一個新的shell（或source ~/.bashrc）。
這是我們必須為 OpenJDK 的集中安裝修復的問題，例如： https: //github.com/UCL-RITS/rcps-buildscripts/blob/master/adoptopenjdk-11.0.3_install.sh#L46
如果您想在從 Gnome 啟動的 Rstudio 中使用此功能，則需要將該目錄添加到ldconfig.
As root（或 with sudo）創建一個文件，/etc/ld.so.conf.d/您應該在其中調用帶有擴展名的內容.conf，例如java.conf包含以下行：
/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server
然后root運行
ldconfig -v
這應該將該目錄添加到通過 GNOME 搜索啟動的可執行文件的位置。問題的這個特定部分（GNOME 忽略 中的設置bashrc）至少自 9.04 以來一直是 Ubuntu 中的一個問題（https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/xorg/+bug/366728/）。
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