我想在集群的基礎上對 anndata 進行子集化，但我無法理解如何做到這一點。我正在運行 scVelo 管道，并且tl.louvain在 louvain 的基礎上運行了對單元進行聚類的函數。我得到了大約 32 個集群，其中集群 2 和 4 是我感興趣的，我必須僅在這些集群上進一步運行管道。（最初我有在 scVelo 中讀取的 loom 文件，所以我現在有了 anndata。）我嘗試使用adata.obs["louvain"]它給了我集群信息，但我需要編寫一個只有 2 個集群的新 anndata 并進一步處理。請幫助了解如何對 andata 進行子集化。非常感謝任何幫助。（因為我是新手，所以很難掌握）
2 回答
SMILET
TA貢獻1796條經驗 獲得超4個贊
如果您的 adata.obs 在運行后有一個我期望的“louvain”列tl.louvain，您可以進行子集化，就好像 adata[adata.obs["louvain"] == "2"] 您想要獲取一個集群并 adata[adata.obs['louvain'].isin(['2', '4'])] 獲取集群 2 和 4 一樣。
白板的微信
TA貢獻1883條經驗 獲得超3個贊
請隨意使用我為我的工作編寫的這個函數。
import AnnData
import numpy as np
def cluster_sampled(adata: AnnData, clusters: list, n_samples: int) -> AnnData:
"""Sample n_samples randomly from each louvain cluster from the provided clusters
Parameters
----------
adata
AnnData object
clusters
List of clusters to sample from
n_samples
Number of samples to take from each cluster
Returns
-------
AnnData
Annotated data matrix with sampled cells from the clusters
"""
l = []
adata_cluster_sampled = adata[adata.obs["louvain"].isin(clusters), :].copy()
for k, v in adata_cluster_sampled.obs.groupby("louvain").indices.items():
l.append(np.random.choice(v, n_samples, replace=False))
return adata_cluster_sampled[np.concatenate(l)]
添加回答
舉報
0/150
提交
取消