在搜索兩個正則表達式的 DNA 序列后，我試圖創建一個 .bed 文件。理想情況下，我想生成一個制表符分隔的文件，其中包含序列描述、第一個正則表達式的起始位置和第二個正則表達式的結束位置。我知道正則表達式部分有效，它只是創建了我正在努力處理的 \t 分隔文件。我希望我可以打開/創建一個文件并簡單地為for loop包含此信息的每次迭代打印一個新行，如下所示：with open("Mimp_hits.bed", "a+") as file_object: for line in file_object: print(f'{sequence.description}\t{h.start()}\t{h_rc.end()}')file_object.close()但這似乎不起作用（創建空文件）。我也嘗試過使用file_object.write，但這同樣會創建一個空文件。這是我所有的代碼，包括搜索正則表達式：import re, sysfrom Bio import SeqIOfrom Bio.SeqRecord import SeqRecordinfile = sys.argv[1]for sequence in SeqIO.parse(infile, "fasta"): hit = re.finditer(r"CAGTGGG..GCAA[TA]AA", str(sequence.seq)) mimp_length = 400 for h in hit: h_start = h.start() hit_rc = re.finditer(r"TT[TA]TTGC..CCCACTG", str(sequence.seq)) for h_rc in hit_rc: h_rc_end = h_rc.end() length = h_rc_end - h_start if length > 0: if length < mimp_length: with open("Mimp_hits.bed", "a+") as file_object: for line in file_object: print(sequence.description, h.start(), h_rc.end()) file_object.close()這是所需的輸出：Focub_II5_mimp_1__contig_1.16(656599:656809) 2 208Focub_II5_mimp_2__contig_1.47(41315:41540) 2 223Focub_II5_mimp_3__contig_1.65(13656:13882) 2 224Focub_II5_mimp_4__contig_1.70(61591:61809) 2 216這是示例輸入：>Focub_II5_mimp_1__contig_1.16(656599:656809)TACAGTGGGATGCAAAAAGTATTCGCAGGTGTGTAGAGAGATTTGTTGCTCGGAAGCTAGTTAGGTGTAGCTTGTCAGGTTCTCAGTACCCTATATTACACCGAGATCAGCGGGATAATCTAGTCTCGAGTACATAAGCTAAGTTAAGCTACTAACTAGCGCAGCTGACACAACTTACACACCTGCAAATACTTTTTGCATCCCACTGTA>Focub_II5_mimp_2__contig_1.47(41315:41540)TACAGTGGGAGGCAATAAGTATGAATACCGGGCGTGTATTGTTTTCTGCCGCTAGCCCATTTTAACAGCTAGAGTGTGTATATTAACCTCACACATAGCTATCTCTTATACTAATTGGTTAGGGAAAACCTCTAACCAGGATTAGGAGTCAACATAGCTTGTTTTAGGCTAAGAGGTGTGTGTCAGTACACCAAAGGGTATTCATACTTATTGCCCCCCACTGTA有人能幫忙嗎？
2 回答
MMMHUHU
TA貢獻1834條經驗 獲得超8個贊
要向文件中寫入一行，您需要執行以下操作：
with?open("file.txt",?"a")?as?f:?
???print("new?line",?file=f)如果你想用制表符分隔你也可以添加sep="\t"，這就是為什么 python 3 做了print一個函數所以你可以使用sep,?end,?file, 和flush關鍵字參數。:)
打開文件進行附加意味著文件指針從文件末尾開始，這意味著寫入它不會覆蓋任何數據（附加到文件末尾）并迭代它（或以其他方式讀取它）給出沒有什么比你已經到達文件末尾更重要的了。
因此，您無需遍歷文件的行，而只需向其中寫入一行：
????????????????with?open("Mimp_hits.bed",?"a")?as?file_object:?
???????????????????????????????????print(sequence.description,?h.start(),?h_rc.end(),?file=file_object)您還可以考慮只在循環開始附近打開文件，因為打開它一次并寫入多次比多次打開它更有效，而且 with 塊會自動關閉文件，因此無需顯式執行此操作。
桃花長相依
TA貢獻1860條經驗 獲得超8個贊
您正在嘗試以“a+”模式打開文件，并從中循環遍歷行（這將找不到任何內容，因為當您這樣做時文件位于末尾）。在任何情況下，如果這只是一個輸出文件，那么您將以“a”模式打開它以附加到它。
可能您只想打開文件一次以進行追加，并在with語句內部執行主循環，file_object.write(...)在您真正想將字符串追加到文件時使用。file_object.close()請注意，使用此構造時不需要 for with。
with open("Mimp_hits.bed", "a") as file_object:
for sequence in SeqIO.parse(infile, "fasta"):
# ... etc per original code ...
if length < mimp_length:
file_object.write("{}\t{}\t{}\n".format(
sequence.description, h.start(), h_rc.end()))
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