Matlab語言編寫的可以在Matlab環境中運行的程序稱為 M 文件。M 文件用擴展名.m結尾，可在命令行中執行，也可被其它程序調用，我們可以使用任何文本編輯器編輯M文件。
M文件分為兩種：命令文件和函數文件，它們有各自的特點。
1.5.1 命令文件
命令文件沒有輸入參數也沒有輸出參數，只是一些Matlab命令和函數的組合。命令文件可以操作工作空間的變量，也可以生成新的變量，但是當命令文件執行結束后新變量將保存在工作空間中，不會被自動清除。
例2-20：編寫命令文件test_com.m，用于求解小于2000且為2的整數次冪的正整數。
解：
%test_com.m
F(1)=2;
k=1;
while F(k)<1000
F(k+1)= 2*F(k);
k=k+1; 
end
F,k
為了能夠在命令窗口執行test_com命令，可以建立一個\MySample子目錄，然后用命令窗口的【File】|【Set Path】菜單將該目錄加入的Matlab的搜索目錄中。這樣就可以直接在Matlab命令窗口鍵入test_com執行這個命令，其運行結果為：
F = Columns 1 through 6 
2 4 8 16 32 64
Columns 7 through 10 
128 256 512 1024
k =10
1.5.2 函數文件
函數接收輸入參數，返回輸出參數。函數文件與程序文件類似也是以 逗.m地 為擴展名的文本文件，而程序文件與函數文件的主要區別在于，函數允許通過數值進行參數傳遞，而且函數使用局部變量而不是全局變量操作。另外函數文件的第一行必須包括 逗function地 這個關鍵字。函數文件的文件名必須和函數定義的函數名稱相同。
MATLAB的函數M文件通常由以下幾個部分組成：
1 函數定義行
函數M文件的第一行用關鍵字逗function地把M文件定義為一個函數，并指定它的名字，并且與文件名必須相同，同時定義了函數的輸入和輸入參數。輸入參數的定義用小括號（），如果有多個輸入參數則用逗號分隔；輸出參數的定義用中括號[]，如果有多個輸出參數則用逗號分隔。
2 H1行
所謂H1行指幫助文本的第一行，它緊跟在定義行之后并以逗%地符號開頭，用于概括說明函數名和函數的功能。在命令窗口用 lookfor 命令時將顯示所尋求函數的H1行。
3 函數幫助文本
幫助文本指位于H1行之后函數體之前的說明文本，它同樣以逗%地符號開頭，一般用來比較詳細地介紹函數的功能和用法。在命令窗口用help命令時將顯示函數的H1行和所有幫助文本。
4 函數體
是函數的主體部分，包括進行運行和賦值操作的所有MATLAB程序代碼，其中可以有流程控制、輸入輸出、計算、賦值、注釋以及函數調用等操作。
5 注釋
除了函數開始獨立的幫助文本外，還可以在函數體中添加對語句的注釋。注釋必須以逗%地符號開頭，MATLAB在編譯執行M文件時把每一行中逗%地后面的全部內容作為注釋不進行編譯。
1.5.3 子函數
　　一個 M 文件中可以定義多個函數，其中第一個定義的函數稱為主函數，主函數名必須與M文件名相同，其它函數稱為子函數。子函數只能被定義它的文件中的函數調用，其它函數和文件不能調用。
1.5.4 局部函數
　　把一些文件放在private目錄下，那么這些文件中定義的函數就是局部函數。局部函數只能被其父母目錄中的函數或文件調用，其它函數和文件無權調用。
1.5.5 M文件的執行 
　　當Matlab遇到一個新的名稱（命令、函數、變量）時，按如下次序查找這個名稱：
(1) 當前的工作空間； 
(2) 子函數名稱; 
(3) 局部函數名稱； 
(4) set path指定的路徑。
要想使自己編寫的函數或命令能夠在命令窗口自由的使用，一個比較好的處理方法是建立一個目錄，并把這個目錄加到Set Path指定的目錄中，將自己編寫的 M 文件都存放到這個目錄中。
例1-21：編寫函數求。
解：function r=AddJc(n)
%AddJc.m 函數AddJc（n）求1到n的階乘的和
% n為輸入參數，Jc為子函數
r=0; k=1;
while k<=n
r=r+Jc(k);
k=k+1;
end
%Jc(m)求解m的階乘，是文件內部函數（子函數）
function s=Jc(m)
s=1; k=1;
while k<=m
s=s*k;
k=k+1;
end
將AddJc.m保存到工作目錄中，在命令窗口可以直接使用AddJc函數，但是不能使用子函數Jc。