我正在嘗試在 Python 中使用 Pardiso 6 稀疏求解器庫。問題是我似乎無法加載 Pardiso 共享對象 (SO)。這是我打電話時遇到的錯誤import ctypespardiso = ctypes.CDLL(pardiso_so_address)Traceback (most recent call last): File "test.py", line 27, in <module> pardiso = ctypes.CDLL(lib720) File "/home/amin/anaconda3/envs/idp/lib/python3.7/ctypes/__init__.py", line 364, in __init__ self._handle = _dlopen(self._name, mode)OSError: ./libpardiso600-GNU720-X86-64.so: undefined symbol: sgetrf_如果有人能對此有所了解，我將不勝感激。PS。我已經聯系了 Pardiso 開發人員，他們告訴我需要鏈接優化的 BLAS，但我已經通過conda.更新1：我mkl通過安裝conda，但沒有幫助。奇怪的是，我添加import scipy到標題中并且錯誤消失了。如果我添加import mkl. 因此，出于某種原因，除非scipy或mkl手動導入，否則.so不知道lapack安裝存在。無論如何，現在又拋出了另一個錯誤，我認為這可能與libgfortran庫有關。這是錯誤Traceback (most recent call last): File "test.py", line 34, in <module> pardiso = ctypes.CDLL(lib720) File "/home/amin/anaconda3/envs/test/lib/python3.7/ctypes/__init__.py", line 364, in __init__ self._handle = _dlopen(self._name, mode)OSError: ./libpardiso600-GNU720-X86-64.so: undefined symbol: _gfortran_st_close我仔細檢查了是否libgfortran已安裝，確實是：(test) PyPardisoProject$ ldconfig -p | grep libgfortran libgfortran.so.5 (libc6,x86-64) => /lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.5 libgfortran.so.4 (libc6,x86-64) => /lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.4我認為類似的東西可能在起作用，即圖書館在那里但需要觸發（類似于import scipy似乎已經為 所做的事情liblapack，但我不知道如何觸發它。注意：我在 Pardiso 網站上的 C 中找到了一個示例，并.so通過它測試了該文件$ gcc pardiso_sym.c -o pardiso_sym -L . -lpardiso600-GNU720-X86-64 -llapack -fopenmp -lgfortran$ OMP_NUM_THREADS=1 ./pardiso_sym 它沒有問題（使用我機器上的現有庫）。所以，.so作品，只是我不知道如何在 Python 中通知它它的依賴關系。更新 2：這是輸出ldd pardiso_sym：因此，我添加了公共路徑，即/lib/x86_64-linux-gnu和/lib64toPATH并通過以下方式再次運行 Python 腳本：PATH=$PATH:/lib/x86_64-linux-gnu:/lib64 python padiso_script.py但同樣的錯誤被拋出。我也嘗試添加LD_LIBRARY_PATH，但也沒有工作。
3 回答
皈依舞
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Pardiso 6 sparse solver至少取決于 Lapack 函數sgetrf，該函數使用帶有行交換的部分旋轉來計算一般 M×N 矩陣 A 的 LU 分解。
從我們閱讀的內容來看，libpardiso600-GNU720-X86-64.so它與共享的 Lapack 庫動態鏈接。您需要提供一個包含一個實現的 PATH。
在啟動 Python 之前，我建議您使用LD_LIBRARY_PATH并包含您正在使用的 BLAS/Lapack 庫的路徑。它可以是 netlib 實現、ATLAS 實現或 MKL 實現。
LD_LIRARY_PATH=$LD_LIRARY_PATH:/my_path_to_lapack \python -c"import ctypes; pardiso = ctypes.CDLL(pardiso_so_address)"
如果你使用conda，你可以用命令安裝
conda install -c anaconda mkl
在這種情況下，安裝可能會直接解決問題。
人到中年有點甜
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PATH訣竅是，您需要在加載 Pardiso 庫之前在 Python 腳本中顯式加載依賴項，即lapack,blas和，而不是將依賴項的位置添加到 system 。gfortran此外，您必須將可選mode=ctypes.RLTD_GLOBAL參數顯式傳遞給ctypes.CDLL方法，以使依賴項全局可訪問，因此 Pardiso 可以訪問它們。
import ctypes
import ctypes.util
shared_libs = ["lapack", "blas", "omp", "gfortran"]
for lib in shared_libs:
# Fetch the proper name of the dependency
libname = ctypes.util.find_library(lib)
# Load the dependency and make it globally accessible
ctypes.CDLL(libname, mode=ctypes.RTLD_GLOBAL)
# Finally, load the Pardiso library
pardiso = ctypes.CDLL(pardiso_so_address)
以我的經驗，如果您在已安裝的conda環境中mkl，您只需將其gfortran列為依賴項，其余的將自動加載和訪問，在這種情況下 set shared_libs = ["gfortran"].
幕布斯7119047
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Pardiso 6 和 Intel MKL Pardiso 不兼容，因為它們具有不同的 API。您可以嘗試從系統路徑中刪除 MKL，添加 OpenBLAS，然后再次嘗試鏈接您的示例。
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