輸入Blast_aa_mc = qblast("blastp","nr", aa_mc[2])Blast_aa_mc輸出<_io.StringIO at 0x12a1a48>什么是_io。字符串？這是什么意思？我所期待的是某種字符串或數組。有沒有更好的方法來做到這一點？
2 回答
呼如林
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字符串IO是標準庫中來自蟒蛇的io模塊的類。從本質上講，StringIO 對象的行為類似于 Python 文件對象，它不存儲在磁盤上，而是保存在內存中。
讓我們看一個簡單的例子：
f = io.StringIO("Some initial\ntext data.")
如果將其打印出來，則會得到與您的結果類似的結果：
print(f)
>> <_io.StringIO object at 0x7f4530264a68>
如何處理這個問題？好吧，幾乎任何你可以用文件對象做的事情，你可以用一個StringIO對象來做。例如，要獲取 f 中所有行的列表：
content = f.readlines()
print(content)
>> ['Some initial\n', 'text data.']
要獲取包含所有內容的單個字符串，請執行以下操作：
print(''.join(content))
>> 'Some initial
text data.'
請注意，您只能調用一次讀行 - 就像文件一樣。對讀行的第二次調用將返回一個空列表。
尚方寶劍之說
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您可以解析通過模塊返回的結果句柄，例如qblast()Bio.SearchIO
from Bio import SearchIO
from Bio.Blast import NCBIWWW
Blast_aa_mc = NCBIWWW.qblast("blastp","nr", aa_mc[2])
blast_qresult = SearchIO.read(Blast_aa_mc, "blast-xml")
print(blast_qresult)
我最近的《生物間諜節》筆記本教程中對此進行了介紹。
對于多個結果，請使用（環繞它以在內存中創建列表）SearchIO.parse(Blast_aa_mc, "blast-xml")list()
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