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運行容器時,將找不到 Dockerfile 中已安裝的 R 包

運行容器時,將找不到 Dockerfile 中已安裝的 R 包

青春有我 2022-08-02 11:05:09
我正在嘗試在Python Docker映像中安裝多個R包。我有這個?。篋ockerfile# Python 3.7.5FROM python:3.7.5ENV PYTHONUNBUFFERED 1# Install R 3.6RUN echo 'deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/debian buster-cran35/' >> /etc/apt/sources.listRUN apt install dirmngrRUN apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'RUN apt updateRUN apt install -y r-base # Install R dependenciesRUN R -e "install.packages('BiocManager', dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')"它不會引發任何錯誤。但是當我跑步并做:docker container exec -it <my container> bashRscript -e 'installed.packages()' | grep BiocManager沒有任何結果。我不知道這是否適用,但在構建過程中它會拋出:下載的源包位于'/tmp/Rtmp7jBLWQ/downloaded_packages'也許它在臨時文件夾上安裝軟件包是問題所在。有沒有辦法安裝 R 包,而無需基于 R 基礎映像和使用映像?install2.r
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1 回答

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Helenr

TA貢獻1780條經驗 獲得超4個贊

真可惜...我有一個帶有子句的docker-compose,我忘記運行。這就是更改未應用的原因。build: .docker-compose build


但是,我使用 r-base 映像以更簡單的方式安裝依賴項。我的最后一個是:Dockerfile


FROM r-base:3.6.2


# Install R dependencies

RUN install2.r --error BiocManager


# Install Python 3.7

RUN apt install -y python3.7 python3-pip


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反對 回復 2022-08-02
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