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.split（）在python3中創建空白行

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.split（）在python3中創建空白行

Python

慕的地6264312 2021-03-19 18:15:50

我正在嘗試使用python3將'fastq'文件轉換為制表符分隔的文件。輸入如下：（第1-4行是我需要以制表符分隔的格式打印的一條記錄）。在這里，我試圖將每個記錄讀入一個列表對象：@SEQ_IDGATTTGGGGTT+!''*((((***@SEQ_IDGATTTGGGGTT+!''*((((***使用這個：data = open('sample3.fq')fq_record = data.read().replace('@', ',@').split(',')for item in fq_record: print(item.replace('\n', '\t').split('\t'))輸出為：['']['@SEQ_ID', 'GATTTGGGGTT', '+', "!''*((((***", '']['@SEQ_ID', 'GATTTGGGGTT', '+', "!''*((((***", '', '']我在輸出的開頭出現空白行，我不明白為什么？我知道這可以通過許多其他方式完成，但是我在學習python時需要弄清楚原因。謝謝

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3 回答

大話西游666

TA貢獻1817條經驗獲得超14個贊

當您使用替換@時,@，您要在字符串的開頭加上一個逗號（因為它以開頭@）。然后，當您分割逗號時，第一個逗號之前沒有任何內容，因此這會在分割中給您一個空字符串。發生的情況基本上是這樣的：

>>> print ',x'.split(',')

['', 'x']

如果您知道數據始終以開頭@，則可以跳過循環中的空記錄。做吧for item in fq_record[1:]。

反對回復 2021-03-31

皈依舞

TA貢獻1851條經驗獲得超3個贊

您也可以逐行進行，而無需全部替換：

fobj = io.StringIO("""@SEQ_ID

GATTTGGGGTT

!''*((((***

@SEQ_ID

GATTTGGGGTT

!''*((((***""")

data = []

entry = []

for raw_line in fobj:

line = raw_line.strip()

if line.startswith('@'):

if entry:

data.append(entry)

entry = []

entry.append(line)

data.append(entry)

data 看起來像這樣：

[['@SEQ_ID', 'GATTTGGGGTTy', '+', "!''*((((***"],

['@SEQ_ID', 'GATTTGGGGTTx', '+', "!''*((((***"]]

反對回復 2021-03-31

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