首先，我必須承認，我很新的knitr和重現性分析的概念，但我可以看到在提高我當前的工作流程（其中包括很多的復制粘貼到Word文檔）它的潛力。我經常用組（醫院在本例中），以產生多個報告和每家醫院內，可能會有許多不同的病房說我匯報的結果。以前我使用循環跑了我所有的情節和分析在R，然后復制/粘貼工作開始; 但是，在閱讀了這篇文章（Sweave可以自動產生許多pdf嗎？）之后，它給了我希望，我實際上可以跳過很多步驟，直接從R直接通過Rnw / knitr報告。但是，嘗試一下之后，我發現有些東西還沒有完全解決（因為Rnw中的R環境似乎無法識別我要傳遞給它的循環變量？）。 ## make my dataHospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)Month <- rep(seq(1:10), 4)Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)## Here is my current work flow-- produce all plots, but export as png and cut/pastefor(hosp in unique(df$Hospital)){ subgroup <- df[ df$Hospital == hosp,] for(ward in unique(subgroup$Ward)){ subgroup2 <- subgroup[subgroup$Ward == ward,] savename <- paste(hosp, ward) plot(subgroup2$Month, subgroup2$Outcomes, type="o", main=paste("Trend plot for", savename)) }}# followed by much copy/pasting## Here is what I'm trying to go for using knitr library(knitr)for (hosp in unique(df$Hospital)){ knit("C:file.path\\testing_loops.Rnw", output=paste('report_', Hospital, '.tex', sep=""))}## With the following *Rnw file## start *.Rnw Code\documentclass[10pt]{article}\usepackage[margin=1.15 in]{geometry}<<loaddata, echo=FALSE, message=FALSE>>= Hospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)Month <- rep(seq(1:10), 4)Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)subgroup <- df[ df$Hospital == hosp,]@\begin{document}<<setup, echo=FALSE >>= opts_chunk$set(fig.path = paste("test", hosp , sep=""))@Some infomative text about hospital \Sexpr{hosp}想經營我的編織（）的代碼塊后，我得到這個錯誤：Error in file(con, "w") : invalid 'description' argument當我看著在* .tex文件是要創建的目錄，我可以看到從醫院A中的2個PDF地塊被生產（無為B），并沒有醫院具體* .tex文件編織成PDF。預先感謝您可以提供任何幫助！
3 回答
收到一只叮咚
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您不需要重新定義.Rnw文件中的數據，并且我認為警告來自于以下事實：將輸出名稱與Hospital（醫院的完整向量）而不是hosp（循環索引）放在一起。
繼你的榜樣，testingloops.Rnw是
\documentclass[10pt]{article}
\usepackage[margin=1.15 in]{geometry}
<<loaddata, echo=FALSE, message=FALSE>>=
subgroup <- df[ df$Hospital == hosp,]
@
\begin{document}
<<setup, echo=FALSE >>=
opts_chunk$set(fig.path = paste("test", hosp , sep=""))
@
Some infomative text about hospital \Sexpr{hosp}
<<plots, echo=FALSE >>=
for(ward in unique(subgroup$Ward)){
subgroup2 <- subgroup[subgroup$Ward == ward,]
# subgroup2 <- subgroup2[ order(subgroup2$Month),]
savename <- paste(hosp, ward)
plot(subgroup2$Month, subgroup2$Outcomes, type="o", main=paste("Trend plot for", savename))
}
@
\end{document}
而驅動程序R文件將僅僅是
## make my data
Hospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))
Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)
Month <- rep(seq(1:10), 4)
Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)
df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)
## knitr loop
library("knitr")
for (hosp in unique(df$Hospital)){
knit2pdf("testingloops.Rnw", output=paste0('report_', hosp, '.tex'))
}
慕田峪9158850
TA貢獻1794條經驗 獲得超7個贊
好問題！這對我來說與您在問題中提供的其他內容一起起作用。請注意，我已將您替換hosp為just x。我叫你的Rnw文件test.rnw
# input data
Hospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))
Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)
Month <- rep(seq(1:10), 4)
Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)
df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)
# generate the tex files, one for each hospital in df
library(knitr)
lapply(unique(df$Hospital), function(x)
knit("C:\\emacs\\test.rnw",
output=paste('report_', x, '.tex', sep="")))
# generate PDFs from the tex files, one for each hospital in df
lapply(unique(df$Hospital), function(x)
tools::texi2pdf(paste0("C:\\emacs\\", paste0('report_', x, '.tex')),
clean = TRUE, quiet = TRUE))
我已經更換了你的循環lapply和匿名函數，這似乎往往被認為更R-ish。
在這里你能看到我更換了hosp與x中rnw文件：
\documentclass[10pt]{article}
\usepackage[margin=1.15 in]{geometry}
<<loaddata, echo=FALSE, message=FALSE>>=
Hospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))
Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)
Month <- rep(seq(1:10), 4)
Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)
df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)
subgroup <- df[ df$Hospital == x,]
@
\begin{document}
<<setup, echo=FALSE >>=
opts_chunk$set(fig.path = paste("test", x , sep=""))
@
Some informative text about hospital \Sexpr{x}
<<plots, echo=FALSE >>=
for(ward in unique(subgroup$Ward)){
subgroup2 <- subgroup[subgroup$Ward == ward,]
# subgroup2 <- subgroup2[ order(subgroup2$Month),]
savename <- paste(x, ward)
plot(subgroup2$Month, subgroup2$Outcomes, type="o", main=paste("Trend plot for", savename))
}
@
\end{document}
結果是兩個TEX文件（report_A.tex，report_B.tex），四個PDF文件的數字（A1，A2，B1，B2）和用于報告2頁的PDF（report_A.pdf，report_B.pdf），每個具有其數字在他們之中。那是你的追求嗎？
尚方寶劍之說
TA貢獻1788條經驗 獲得超4個贊
在這個答案中，我打算回答一個更籠統的問題：“使用循環生成多個pdf報告”，而不是您的特定示例。這是因為作為菜鳥很難遵循這種趨勢。我設法使其最終能夠工作（html版本），所以這是我的謙虛解決方案。這里可能出版了一些更好的書，我只是還不完全了解它們。
使用您的設計創建RMD文件，并將其保存在working \ input目錄中（在Rstudio中：file-> newfile-> R markdown）。該文件應包括在報告中繪制圖表所需的所有功能（只需在這些代碼塊之一中聲明它們）。認為此文件作為模板所有報告的。不必擔心在更早地將數據整理好之后將數據傳遞到環境中的問題-我將在（2）中進行介紹。要理解的關鍵問題是所有計算都在管道的更深處完成（在呈現RMD文件的那一刻）。
在不同的控制r文件中創建您需要使用的循環。在我的情況下，有一個循環遍歷目錄中的所有文件，并將它們放入數據幀。然后我想將這些數據框以及其他數據變量傳遞到RMD中，以便繪制它們。這是如何完成的：
run_on_all<-function(path_in="path:\\where\\your\\input\\and\\RMD\\is", path_out="path:\\where\\your\\output\\will\\be")
setwd(path_in)
ibrary(rmarkdown)
library(knitr)
list_of_file_names=list.files(path = getwd, pattern = "*.csv")
#this gets a list of the input files names
for (file_name in list_of_file_names) {
data=read.csv(file_name) #read file into data frame
report_name=paste(some_variable_name,".html",sep="")
render("your_template.Rmd",output_file =report_name,output_dir =path_out,list(data,all other parameters you want to input into the RMD))}
}
最重要的命令是render函數調用。它允許您將所需的任何參數放入RMD環境。它還允許您更改報告的名稱并更改輸出位置。此外，通過調用它，您還可以生成報告，因此可以將其全部收集在一行中。（請注意，如果對RMD的調用在一個函數中，則可能會發現輸入的變量丟失了，但是報告會仍然可以正確發布）
摘要
您需要兩個文件-RMD文件，它將是所有其他報告的模板和一個控制文件?？刂莆募@取數據，將其修改，然后將修改后的參數傳遞給RMD（通過render函數）。RMD獲取數據，進行一些計算，將其繪制并發布到新文件中（也通過render函數）。希望我能幫上忙。
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