我已經編寫了一個函數，Rcpp并使用進行了編譯inline。現在，我想在不同的內核上并行運行它，但是遇到一個奇怪的錯誤。這是一個最小的示例，該函數funCPP1可以編譯并運行良好，但不能由snow的clusterCall函數調用。該函數可以作為單個進程很好地運行，但是在并行運行時會出現以下錯誤：Error in checkForRemoteErrors(lapply(cl, recvResult)) : 2 nodes produced errors; first error: NULL value passed as symbol address這是一些代碼：## Load and compilelibrary(inline)library(Rcpp)library(snow)src1 <- ' Rcpp::NumericMatrix xbem(xbe); int nrows = xbem.nrow(); Rcpp::NumericVector gv(g); for (int i = 1; i < nrows; i++) { xbem(i,_) = xbem(i-1,_) * gv[0] + xbem(i,_); } return xbem;'funCPP1 <- cxxfunction(signature(xbe = "numeric", g="numeric"),body = src1, plugin="Rcpp")## Single processA <- matrix(rnorm(400), 20,20)funCPP1(A, 0.5)## Parallelcl <- makeCluster(2, type = "SOCK") clusterExport(cl, 'funCPP1') clusterCall(cl, funCPP1, A, 0.5)
3 回答
慕工程0101907
TA貢獻1887條經驗 獲得超5個贊
仔細考慮-內聯有什么用？它為您創建一個C / C ++函數，然后編譯并將其鏈接到可動態加載的共享庫中。那人坐在哪里？在R的temp目錄中。
因此，通過將調用該共享庫的R前端運送到另一個進程（具有另一個temp目錄!!），您嘗試了正確的做法，但是沒有在其中獲取dll / so文件。
因此，建議是創建一個本地軟件包，安裝它，并讓snow過程加載并調用它。
（而且一如既往：rcpp-devel列表上可能會有更好的質量答案，與SO相比，更多的Rcpp貢獻者可以閱讀該列表。）
慕虎7371278
TA貢獻1802條經驗 獲得超4個贊
我通過在每個群集群集節點上采購帶有所需C內聯函數的R文件來解決該問題：
clusterEvalQ(cl,
{
library(inline)
invisible(source("your_C_func.R"))
})
并且您的文件your_C_func.R應該包含C函數定義：
c_func <- cfunction(...)
- 3 回答
- 0 關注
- 802 瀏覽
添加回答
舉報
0/150
提交
取消