通常將星標放在條形圖或箱形圖上以顯示一組或兩組之間的顯著性水平（p值），以下是幾個示例：星級數由p值定義，例如p值<0.001的可以放置3顆星，p值<0.01的可以放置2顆星，依此類推（盡管這從一篇文章變為另一篇文章）。我的問題是：如何生成相似的圖表？一種基于顯著性水平自動放置星星的方法非常受歡迎。
3 回答
寶慕林4294392
TA貢獻2021條經驗 獲得超8個贊
我知道這是一個古老的問題，Jens Tierling的答案已經為該問題提供了一種解決方案。但是我最近創建了一個ggplot-extension，它簡化了添加重要性欄的整個過程：ggsignif
不必單調地將geom_line和添加geom_text到繪圖中，而只需添加一個圖層geom_signif：
library(ggplot2)
library(ggsignif)
ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) +
geom_boxplot() +
geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica")),
map_signif_level=TRUE)
要創建類似于Jens Tierling所示的高級繪圖，可以執行以下操作：
dat <- data.frame(Group = c("S1", "S1", "S2", "S2"),
Sub = c("A", "B", "A", "B"),
Value = c(3,5,7,8))
ggplot(dat, aes(Group, Value)) +
geom_bar(aes(fill = Sub), stat="identity", position="dodge", width=.5) +
geom_signif(stat="identity",
data=data.frame(x=c(0.875, 1.875), xend=c(1.125, 2.125),
y=c(5.8, 8.5), annotation=c("**", "NS")),
aes(x=x,xend=xend, y=y, yend=y, annotation=annotation)) +
geom_signif(comparisons=list(c("S1", "S2")), annotations="***",
y_position = 9.3, tip_length = 0, vjust=0.4) +
scale_fill_manual(values = c("grey80", "grey20"))
該軟件包的完整文檔可在CRAN獲得。
富國滬深
TA貢獻1790條經驗 獲得超9個贊
ggsignif軟件包的擴展也稱為ggpubr，在進行多組比較時功能更強大。它建立在ggsignif的基礎上，還可以處理方差分析和kruskal-wallis以及針對全局均值的成對比較。
例：
library(ggpubr)
my_comparisons = list( c("0.5", "1"), c("1", "2"), c("0.5", "2") )
ggboxplot(ToothGrowth, x = "dose", y = "len",
color = "dose", palette = "jco")+
stat_compare_means(comparisons = my_comparisons, label.y = c(29, 35, 40))+
stat_compare_means(label.y = 45)
- 3 回答
- 0 關注
- 7163 瀏覽
添加回答
舉報
0/150
提交
取消