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如何制作一個很好的R可重復的例子

如何制作一個很好的R可重復的例子

白衣染霜花 2019-05-20 13:30:58
在與同事討論性能,教學,發送錯誤報告或在郵件列表上搜索指導時,以及在Stack Overflow上,通常會詢問可重復的示例并始終提供幫助。您有什么建議創建優秀示例的提示?如何以文本格式粘貼r中的數據結構?您還應該包含哪些其他信息?在另外還有其他招數來使用dput(),dump()或structure()?你什么時候應該包括library()或require()聲明?其中保留字應避免一個,此外c,df,data等?怎樣才能成為一位偉大的[R重復的例子?
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8 回答

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慕神8447489

TA貢獻1780條經驗 獲得超1個贊

如何編寫可重現的示例。

如果您提供可重現的示例,您最有可能獲得R問題的良好幫助。一個可重現的示例允許其他人通過復制和粘貼R代碼來重新創建您的問題。

為了使您的示例可重現,您需要包含四件事:所需的包,數據,代碼和R環境的描述。

  • 應該在腳本的頂部加載,因此很容易看到示例需要哪些包。

  • 在電子郵件或Stack Overflow問題中包含數據的最簡單方法是使用dput()生成R代碼來重新創建它。例如,要mtcars在R中重新創建數據集,我將執行以下步驟:

    1. dput(mtcars)在R中運行

    2. 復制輸出

    3. 在我可重現的腳本中,鍵入mtcars <-然后粘貼。

  • 花一點時間確保您的代碼易于其他人閱讀:

    • 確保你已經使用了空格,你的變量名稱簡潔,但信息豐富

    • 使用注釋來指出問題所在

    • 盡力刪除與問題無關的所有內容。
      代碼越短,理解起來就越容易。

  • sessionInfo()在代碼中包含注釋的輸出。這總結了您的R環境,并且可以輕松檢查您是否使用了過時的軟件包。

你可以通過啟動一個新的R會話并粘貼你的腳本來檢查你是否真的做了一個可重現的例子。

在將所有代碼放入電子郵件之前,請考慮將其放在Gist github上。它將為您的代碼提供良好的語法突出顯示,您不必擔心電子郵件系統會破壞任何內容。


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反對 回復 2019-05-20
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小怪獸愛吃肉

TA貢獻1852條經驗 獲得超1個贊

就個人而言,我更喜歡“一個”襯里。一些事情:


my.df <- data.frame(col1 = sample(c(1,2), 10, replace = TRUE),

        col2 = as.factor(sample(10)), col3 = letters[1:10],

        col4 = sample(c(TRUE, FALSE), 10, replace = TRUE))

my.list <- list(list1 = my.df, list2 = my.df[3], list3 = letters)

數據結構應該模仿作者的問題而不是確切的逐字結構。當變量不覆蓋我自己的變量或上帝禁止,函數(如df)時,我真的很感激。


或者,可以剪切幾個角并指向預先存在的數據集,例如:


library(vegan)

data(varespec)

ord <- metaMDS(varespec)

不要忘記提及您可能正在使用的任何特殊包裝。


如果你想在更大的物體上展示一些東西,你可以試試


my.df2 <- data.frame(a = sample(10e6), b = sample(letters, 10e6, replace = TRUE))

如果您通過raster包處理空間數據,則可以生成一些隨機數據。在包裝插圖中可以找到很多例子,但這里有一個小金塊。


library(raster)

r1 <- r2 <- r3 <- raster(nrow=10, ncol=10)

values(r1) <- runif(ncell(r1))

values(r2) <- runif(ncell(r2))

values(r3) <- runif(ncell(r3))

s <- stack(r1, r2, r3)

如果您需要實現的某些空間對象sp,則可以通過“空間”包中的外部文件(如ESRI shapefile)獲取一些數據集(請參閱任務視圖中的空間視圖)。


library(rgdal)

ogrDrivers()

dsn <- system.file("vectors", package = "rgdal")[1]

ogrListLayers(dsn)

ogrInfo(dsn=dsn, layer="cities")

cities <- readOGR(dsn=dsn, layer="cities")


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反對 回復 2019-05-20
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ibeautiful

TA貢獻1993條經驗 獲得超6個贊

R-help郵件列表有一個發布指南,其中包括詢問和回答問題,包括生成數據的示例:

示例:有時提供一個人可以實際運行的小例子很有幫助。例如:

如果我有一個矩陣x如下:

 > x <- matrix(1:8, nrow=4, ncol=2,
                dimnames=list(c("A","B","C","D"), c("x","y"))
  > x
    x y
  A 1 5
  B 2 6
  C 3 7
  D 4 8
  >

如何將其轉換為包含8行的數據框,以及名為“row”,“col”和“value”的三列,其維度名稱為“row”和“col”的值,如下所示:

  > x.df
     row col value  1    A   x      1

...... 
(答案可能是:

  > x.df <- reshape(data.frame(row=rownames(x), x), direction="long",
                    varying=list(colnames(x)), times=colnames(x),
                    v.names="value", timevar="col", idvar="row")

小字這個詞特別重要。您應該瞄準一個可重復性最小的示例,這意味著數據和代碼應盡可能簡單地解釋問題。


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反對 回復 2019-05-20
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慕絲7291255

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從R.2.14(我猜)你可以直接將數據文本表示提供給read.table:


df <- read.table(header=T, text="Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species

1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa

2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa

3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa

4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa

5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa

6          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa

") 


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反對 回復 2019-05-20
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