php.ini有個設置可以來設定一個請求里的mysql連接超時時間。
phpini_set('mysql.connect_timeout',30);
但是這是針對你腳本里所有本次的請求mysql的超時時間，你的問題是想設置一條sql的超時時間，這個是沒有的，貌似辦不到。
                            

用mysqli的話，還能設置$mysqli=mysqli_init();$mysqli->options(MYSQL_OPT_READ_TIMEOUT,30);