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目前排名第一的 @TonyX 說的沒錯，給出了可以解決所有疑問的通用方法。但是對于這個問題并沒有直接給出答案，如果我是題主，我是不想要這樣的答案的。
回到樓主問題，為什么要拷貝到那個目錄，那時因為 PHP 編譯時指定了配置文件目錄，而指定的目錄是 /usr/local/php/lib 因此 PHP 啟動時會去那個目錄下讀取 php.ini 的配置文件，不拷貝不影響 PHP 正常運行，只不過無法添加配置項罷了。要查看當前 PHP 會去哪個目錄下找配置文件，可以在 phpinfo() 中看到，（命令行下運行 php -i 也可以），看到 'Configuration File (php.ini) Path' 和 'Scan this dir for additional .ini files' 兩項，這里面記錄了 PHP 加載 .ini 配置文件的路徑。
建議題主下載一份 PHP 的 source code 自己嘗試著去編譯運行一遍。
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。。。不需要復雜一份到那個目錄啊，
復制到你編譯安裝時configure指定的php.ini配置文件目錄里面。。
一般是/usr/local/php/etc這個目錄。
你沒復制也能運行時正常的， 你看下phpinfo里面加載的是哪個php.ini.
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/usr/local/php/lib/php.ini 里面有一些你在編譯時進行配置的項目，如果你沒有進行配置那么這里的文件和PHP默認啟動時候的相關配置項是一樣的，你也就沒有必要進行復制。
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編譯時php時，如果沒有指定--with-config-file-path, 默認就是上述目錄：
--with-config-file-path=PATH
Set the path in which to look for php.ini [PREFIX/lib]
所以，需要復制到lib目錄中。
php運行時，可以沒有php.ini, 這時將使用默認參數值。
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我遇到過，編譯安裝php7的時候，指定了--with-config-file-path的位置，指定位置下也有php.ini，可是還是加載了/usr/local/php/lib/php.ini。表示很是不解。
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