目錄樹的主要部分有root（/）、/usr、/var、/home等等。下面是一個典型的linux目錄結構如下：
/ 根目錄
/bin 存放必要的命令
/boot 存放內核以及啟動所需的文件等
/dev 存放設備文件
/etc 存放系統的配置文件
/home 用戶文件的主目錄，用戶數據存放在其主目錄中
/lib 存放必要的運行庫
/mnt 存放臨時的映射文件系統，我們常把軟驅和光驅掛裝在這里的floppy和cdrom子目錄下。
/proc 存放存儲進程和系統信息
/root 超級用戶的主目錄
/sbin 存放系統管理程序
/tmp 存放臨時文件的目錄
/usr 包含了一般不需要修改的應用程序，命令程序文件、程序庫、手冊和其它文檔。
/var 包含系統產生的經常變化的文件，例如打印機、郵件、新聞等假脫機目錄、日志文件、格式化后的手冊頁以及一些應用程序的數據文件等等。建議單獨的放在一個分區。

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2.6的內核還有個/sys的目錄，內容和/proc差不多