不知道你問的是在同一圖形中添加點（類似畫散點圖）還是要把屏幕一分為多。

添加的話，用完plot，添加點用points，添加線用lines。
簡單點的應用類似：

plot（X,Y）
points（X，Y1）
這樣的感覺。

一分為多的話，用split.screen。
上我自己最近寫的代碼做個例子：
jpeg(filename="geeseP3.jpeg") #畫jpeg圖
split.screen(c(1,2)) #分屏幕為左右兩邊
screen(1) #屏幕1預備輸出
plot(X2,Y,type="p",xlab="X2",ylab="Y",main="Plotting of X2 and Y")
screen(2) #屏幕2預備輸出
plot(X2,Y,type="l")
dev.off()