其實安全性這個問題分兩個方面，一個是漏洞，一個是危害。
對漏洞來說，Linux和Windows比較其實不相上下，因為程序是人寫的，漏洞也是難免的，只不過Linux幾乎沒有核心程序，而Windows配了一大堆，所有顯得Windows好像總有補丁。而對于其他第三方應用，漏洞的出現頻率應該是大致相同的。
而對危害而言，Linux就占有很大優勢了，Linux僅僅依托文件系統，劃分了簡單明了的權限機制，而使用者絕大多數情況下處于一個非系統管理員（ROOT）的情況下，所有即使這時候運行的軟件被入侵，也能很好的保護系統程序和其他用戶文件的安全。 而Windows使用者大多數都在管理員模式下使用的，這時候一旦有程序被入侵，那入侵者基本上就能進入電腦的每一個角落。