1、支持的平臺不一樣
cocostudio目前的版本只能在windows下面使用（ps：據說mac版也正在開發之中，所以未來一段時間也可能會有mac版本），而cocosbuilder版本目前只能在mac下使用，所以你可以根據自己目前手里的機器的操作系統來決定使用哪款軟件。
2、UI體系不同
cocosbuilder是對cocos2dx本身控件的一些封裝，比如基本的CCLayer、CCNode、CCLabelTTF、CCControlButton等控件都可以在cocosbuilder中看到，在程序中，你需要引用ccbi文件，你只需要拿到這些對象的引用即可在程序中設置他們的屬性，以及添加一些監聽。
但是cocostudio則不然，它封裝了自己的一套UI體系，比如出現了UITextButton、UILabel、UIButton等控件，這些控件與cocos2dx中原生的控件不盡相同，所以在程序中使用的時候，起初你會覺得不太適用，仿佛進入了另一種編程環境。但是個人覺得如果你熟悉了之后，還是蠻好用的。
3、開發團隊
cocostudio是由cocos2dx作者支持的團隊，個人覺得后期cocostudio將是主流。
4、bug
cocostudio目前只有1.0版本，所以其中存在為數不少的bug，并且文檔欠缺，而cocosbuilder則相對較為成熟，其中的bug不少太多，文檔也比較多。