我是主推Python系的機器學習工具鏈的。主要的理由是：
1.現在的研究熱點大都用Python實現。
2.Python可以編譯到C(通過Cython)，所以可以很好的保護源碼。相對于Java的混淆字節碼來說，編譯到C之后的Python源碼幾乎不可能被分析。
3.Python是免費的，雖然用起來比matlab要麻煩。但是有開源社區的支持，包括最近公布的numbapro可以把Python JIT到CUDA/GPU平臺運行。極大的簡化了性能優化的工作。
4.Python在Linux集群上可以跑，但是matlab貌似是不行的。