淘寶使用方案二的初衷是現在手持設備的分辨率越來越高，iPhone的分辨率最大已經要使用3倍（960px寬）的縮放比來匹配了，為了適配更高的分辨率用320px的寬度設計會出現太明顯的失真，所以用中間的640px來設計，低端的設備只需要縮放0.5倍也能基本不失真，這是一個折中的方法，同時顧及高端和低端設備。

至于你說的這個問題解決也比較容易，將要鏈接的a標簽設置合適的高度即可避免這個情況，倒是1PX的邊框縮小后可能會變粗或者消失。但是這個對體驗影響不是特別大。